議事規則是模擬聯合國會議中的重要組成部分。一般的會議會採用簡化的《羅伯特議事規則》，簡稱“羅規”，因為其內容大多參考美國眾議院的議事規則，並在經過改寫和修正後可適用於普通的社團和組織。
除了羅規，在不同的國家和地區還有不同的議事規則，但大部分都是在羅規的基礎上加入該地區的會議習慣，最後逐漸演化而成。例如內地模擬聯合國會議常用的北京議事規則（動議導向型/文件導向型）和海外模擬聯合國會議常用的歐洲議事規則。而在一些特殊的委員會中也常設有特殊議事規則，例如歷史委員會和聯動委員會。
議事規則的常規流程為點名->確定議題->開啟主發言名單->有主持核心磋商/自由磋商->撰寫工作文件和決議草案->投票表決。
基本的會議流程一般從點名開始。首先主席會召集代表就座，並按照順序點名，被點到國家名的代表需高舉國家牌並喊「出席」。隨後主席助理就會宣佈會場實時的出席數、是否符合法定出席數、會議的簡單多數、三分之二多數和百分之二十數。只有當實際出席數達到法定出席數時，會議才會正式召開。
點名結束後便進入正式辯論環節，主發言名單自動開啟。而在正式辯論的過程中，代表可以通過提出動議暫停正式辯論，進入非正式辯論，即提出有主持核心磋商和自由磋商兩種動議。除上述兩種動議，代表還可以提出其他類型的動議，例如動議修改正式發言時間、結束正式辯論等。但當三
個動議未獲通過時，會議將自動返回主發言名單。
除此之外，代表還可以提出問題，問題一般優先於動議，並分別為程序性問題、諮詢性問題和個人特權問題。
當主發言名單結束或結束正式辯論的動議通過後，代表們便可以提交一份決議草案。這份決議草案就是代表們針對會議議題的討論成果和最終決定，並將作為一份清晰且具有效力的正式文件在最後一個會期中被公佈、表決。若代表們認為決議草案中有需要修改的地方時，可以提交修正案進行修改。當一份決議草案獲得通過或無一份決議草案獲得通過時，由於正式辯論已結束，會議將自動結束。